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如何從共聚焦圖像中去除自發(fā)熒光
自發(fā)熒光
了解自發(fā)熒光的常見原因,以及如何從您的共聚焦顯微鏡成像過程中去除它。根據(jù)您的應(yīng)用,可能有任意數(shù)量的自發(fā)熒光來源,但幸運的是,解決方案同樣也多種多樣——從改變您的介質(zhì)到使用熒光壽命成像和遠(yuǎn)紅區(qū)染料。
引言
熒光顯微鏡已經(jīng)che di改變了我們對生物學(xué)的理解。通過以高空間分辨率定位細(xì)胞內(nèi)特定分子事件,人們對從基因表達(dá)途徑到藥物相互作用的各個方面有了深入的了解。
隨著現(xiàn)代共聚焦顯微鏡技術(shù)的改進(jìn),其靈敏度也在提高。在共聚焦成像過程中,一個關(guān)鍵的因素是信噪比,背景噪音會掩蓋信號的微小變化。
在共聚焦顯微鏡中,噪音的最大來源之一是自發(fā)熒光。去除這種背景對于理解樣品中存在的信號的微小差異至關(guān)重要。在這篇綜述中,我們將探討如何通過一些快速修復(fù)方法和一些現(xiàn)代技術(shù)去除自發(fā)熒光,如熒光壽命成像。借助軟件和顯微鏡硬件方面的進(jìn)步,這些技術(shù)越來越容易使用。
自發(fā)熒光的原因
自發(fā)熒光有許多潛在的原因,在一個樣品中往往有多個來源。首先,細(xì)胞制劑本身可以是內(nèi)源性自發(fā)熒光的來源。一些常見的來源是NADH、黃素、脂褐素、膠原蛋白和彈性蛋白,以及植物樣品中的葉綠素和木質(zhì)素。換句話說,它們是很難消除的。
除了細(xì)胞增加了自發(fā)熒光外,在成像前處理樣品的方式也會引入額外的背景熒光。從處理試劑到封片介質(zhì),這可能是任何東西。在去除自發(fā)熒光之前,找到自發(fā)熒光的來源是很重要的。
消除自發(fā)熒光的方法
了解您的樣品
如果您遇到自發(fā)熒光的問題,首先要做的是通過調(diào)查樣品來嘗試確定原因。當(dāng)您開始實驗時,先選擇一個未標(biāo)記的對照品,以確定染色過程中是否有增加背景熒光。
了解您的自發(fā)熒光的光譜也很重要。這可以通過光譜掃描來確定。光譜掃描將有助于實驗優(yōu)化和避免自發(fā)熒光的峰值。
優(yōu)化熒標(biāo)記
一旦您了解了自發(fā)熒光的光譜,下一個階段就是優(yōu)化熒光標(biāo)記選擇。如果自發(fā)熒光的光譜和您的熒光標(biāo)記的光譜高度重疊,那么您的信號很有可能會被自發(fā)熒光所掩蓋。在這種情況下,選擇一個光譜遠(yuǎn)離背景自發(fā)熒光的熒光標(biāo)記。例如,如果您的自發(fā)熒光是在光譜的藍(lán)色區(qū)域,將您的熒光標(biāo)記移到綠色或紅色區(qū)域。
選擇熒光團(tuán)時,選擇新型探針,如Alexa Fluor、Dylight或Atto。這些染料往往更亮,更穩(wěn)定,并且激發(fā)和發(fā)射帶更窄,可以更容易地選擇您的熒光標(biāo)記的信號。如果您的顯微鏡能檢測到它們,遠(yuǎn)紅區(qū)染料是避免自發(fā)熒光問題的有效方法,因為這些波長在生物樣品中很少出現(xiàn)。檢測到遠(yuǎn)紅染料還有一個好處,就是能夠擴(kuò)大用于多色實驗的通道數(shù)量。
選擇熒光標(biāo)記后,重要的是不要盲目地用說明書上列出的濃度進(jìn)行實驗。更多的時候,需要對熒光團(tuán)進(jìn)行滴定,在您的樣品上測試不同的濃度。這可以讓您看到哪種濃度能更有效地與背景區(qū)分,并減少自發(fā)熒光產(chǎn)生的干擾。按照制造商的說明,創(chuàng)建一個熒光標(biāo)記的稀釋梯度,以涵蓋略低于和略高于推薦用量的范圍。用您的樣品測試這些稀釋液,以確定哪種稀釋液會給您帶來zui you xiao的信號。
優(yōu)化您的顯微鏡設(shè)置
共聚焦顯微鏡的設(shè)置對圖像中的可見信號發(fā)揮著重要的作用,包括自發(fā)熒光。利用這些設(shè)置的優(yōu)勢,通過調(diào)整光譜檢測,盡可能多地切斷自發(fā)熒光信號。根據(jù)顯微鏡的不同,有不同的方法,但最靈活的選擇是選擇一個白激光與光譜檢測器相配合。這樣,您可以精確調(diào)整到達(dá)樣品的光的波長,以及通過檢測器的波長。通過這種方式,在選擇哪些信號被記錄在捕獲的圖像中時,可以進(jìn)行非常精細(xì)的控制,并有足夠的機(jī)會消除自發(fā)熒光。
圖1:當(dāng)比較自發(fā)熒光和熒光標(biāo)記的光譜時,挑選一個與自發(fā)熒光信號不重疊的熒光標(biāo)記。
處理您的樣品以避免自發(fā)熒光
通常自發(fā)熒光不是來自樣品,而是來自成像前的處理方式。例如,封片介質(zhì)、組織培養(yǎng)基和實驗室器皿都可能是自發(fā)熒光的來源。
如果您正在進(jìn)行活細(xì)胞成像實驗,那么考慮在成像前用預(yù)熱的不含酚紅的培養(yǎng)基或透明的緩沖鹽水代替正常的培養(yǎng)基。除了pH指示劑酚紅(在440納米處被激發(fā)時具有高強度熒光)外,培養(yǎng)基和試劑(如FBS)可能含有許多蛋白質(zhì)和小分子,它們本身具有熒光信號--如果不去除它們,所有這些都會造成強烈的自發(fā)熒光背景。如果您決定將您的細(xì)胞換成一種新的培養(yǎng)基進(jìn)行活體成像,重要的是要注意這可能會引起細(xì)胞行為和表型的意外變化,所以根據(jù)您的研究內(nèi)容,您可能需要先讓細(xì)胞適應(yīng)新的培養(yǎng)基。
您也可以測量一下您用同一顯微鏡設(shè)置的器皿的自發(fā)熒光,查看是否是自發(fā)熒光的來源。測量時,請嘗試使用帶玻璃底的培養(yǎng)皿或?qū)iT用于去除自發(fā)熒光信號的玻璃底皿進(jìn)行成像。
在對暴露于化學(xué)品的活檢和組織樣本進(jìn)行成像時也會出現(xiàn)類似的問題。一個常見的例子是消化道,如果它被暴露在抗生素(如四環(huán)素)中,會有大量的自發(fā)熒光,這些抗生素有強烈的熒光特征。在這種情況下,通過用緩沖鹽水che di沖洗或謹(jǐn)慎使用溶劑,可以很容易去除熒光。
如果您要固定細(xì)胞,固定方法會對自發(fā)熒光有很大影響??紤]用福爾馬林和戊二醛的替代品,并且在成像前盡量不要將固定的樣品存放太久,因為自發(fā)熒光會隨著時間的推移而增加。
軟 件
雖然zui li xiang的方式是通過實驗設(shè)計消除自發(fā)熒光,但有些時候這是無法實現(xiàn)的。在這些情況下,可以通過計算來解決您的自發(fā)熒光問題。使用您的顯微鏡軟件或開源解決方案,如ImageJ,可以分析含有自發(fā)熒光的像素,并嘗試從整個圖像中消除自發(fā)熒光[1]。但要注意的是,計算方法可能很復(fù)雜。有許多不同的方法和算法可供選擇,所以可以嘗試查看哪些方法xiao guo zui hao。重要的是要記住,這些方法往往會降低您的熒光體信號的強度以及自發(fā)熒光,所以要小心使用它們,并注意在提高與背景的對比度和降低信號強度之間進(jìn)行權(quán)衡。
固定后去除自發(fā)熒光
準(zhǔn)備好您的樣品并儲存在冰箱后,似乎任何自發(fā)熒光都會留在那里。雖然在樣品準(zhǔn)備階段消除自發(fā)熒光比較容易,但即使在這個過程的后期階段也肯定可以采取一些步驟。
有許多化學(xué)處理方法可以減弱自發(fā)熒光信號。其中一些是市面上可以買到的,而另一些則可以用普通的實驗室化學(xué)品輕松制備,如peng qing hua na、蘇丹黑B、乙醇銨等[2,3]。
光漂白在顯微鏡中往往有負(fù)面的含義,在激光調(diào)得稍高的情況下,往往會在花費大量時間尋找最佳圖像后失去熒光信號。然而,對于自發(fā)熒光,漂白可以發(fā)揮有益的幫助。在添加熒光團(tuán)之前,您可以用高強度LED光處理您的樣品,以漂白所有的背景自發(fā)熒光。之后,您所選擇的熒光標(biāo)記應(yīng)該與漂白后的背景形成更強烈的對比[4]。
消除自發(fā)熒光的先進(jìn)方法
顯微鏡和熒光標(biāo)記技術(shù)在不斷進(jìn)步的同時也考慮到了自發(fā)熒光。有兩項創(chuàng)新在商業(yè)共聚焦顯微鏡中正變得越來越容易使用。
白光激
在減少自發(fā)熒光方面,白激光(WLL)具有很大的靈活性。首先,它們使您能夠精細(xì)地調(diào)整激發(fā)波長,以匹配您所選擇的熒光團(tuán),同時補充您的樣品的自發(fā)熒光特征。
白激光在選擇熒光團(tuán)時也給您大的靈活性,因為理論上它們可以讓您在整個光譜范圍內(nèi)使用所有已知的熒光染料。波長從440 nm一直到遠(yuǎn)紅端(790 nm),在處理自發(fā)熒光時,激發(fā)新型遠(yuǎn)紅熒光標(biāo)記的能力特別有利,因為自發(fā)熒光更常見于光譜的藍(lán)色和綠色帶。
最后,基于光纖的WLL技術(shù)能夠?qū)崿F(xiàn)脈沖激發(fā),因此,您可以在脈沖之間的非常短的間隔內(nèi)記錄熒光信號(計數(shù)光子)。這是時間相關(guān)單光子計數(shù)(TCSPC)的一個基本要求--熒光壽命分析的黃金標(biāo)準(zhǔn)方法。有了WLL,F(xiàn)LIM可以內(nèi)置于您的顯微鏡中,為減少自發(fā)熒光和提高圖像對比度提供了一個非常有效和相對簡單的方法。
壽命成像
熒光壽命成像方法可用于消除自發(fā)熒光。壽命測量不是僅僅依靠特定波長下的熒光強度,而是反映熒光團(tuán)在激發(fā)狀態(tài)下所花費的時間,這通常是納秒級的時間。這可以發(fā)揮重要的作用,因為您的背景自發(fā)熒光和您的熒光標(biāo)記有重疊光譜的幾率相對較高。然而,它們具有相同的壽命信號的幾率要小得多。這意味著壽命測量可以用來區(qū)分自發(fā)熒光和熒光標(biāo)記信號,即使它們看起來在同一光譜范圍內(nèi)。以這種方式區(qū)分熒光信號,意味著使用壽命測量可以從幾乎任何熒光信號中收集有意義的信息,甚至是自發(fā)熒光。雖然壽命測量在傳統(tǒng)上是一種相對復(fù)雜的技術(shù),但硬件和軟件的改進(jìn)使其更容易被納入任何共聚焦顯微鏡的工作流程。
圖2:左邊的熒光顯微鏡圖像,沒有區(qū)分熒光信號和背景自發(fā)熒光。右邊的圖像使用FLIM來區(qū)分葉綠體中的自發(fā)熒光(藍(lán)色)和來自細(xì)胞膜的理想熒光信號(綠色)。
概述和結(jié)論
自發(fā)熒光不一定會毀掉您的實驗。
但當(dāng)您只有有限數(shù)量的珍貴樣本時,應(yīng)確保沒有任何東西會損害您的實驗數(shù)據(jù)的質(zhì)量。自發(fā)熒光是一種足以破壞您實驗的常見現(xiàn)象。然而,從簡單地替換您在樣品中使用的介質(zhì)一直到使用先進(jìn)的顯微鏡和檢測器,有許多種方法可以解決自發(fā)熒光。
針對自發(fā)熒光做好相關(guān)準(zhǔn)備是防止它影響您的實驗的最好方法。通過采取相關(guān)的應(yīng)對措施,您可以在實驗設(shè)計中做出選擇,減少或wan quan消除背景熒光。